Во время Катастрофы главным делом «Джойнта» стало спасение европейских евреев. Фонд выкупал евреев у нацистов, снабжал беженцев визами, билетами, медикаментами, горячей едой, одеждой, помогал еврейскому подполью. В годы войны »Джойнт», прямо или через посредников, помогал евреям всюду — от Литвы до Средней Азии и Шанхая.